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vegan研究(2)ANOSIM実践編

example(anosim)とやってみる。

まずは、今回使われているデータのduneとdune.envが何なのか?

str(dune)
'data.frame':   20 obs. of  30 variables:
$ Belper: num  3 0 2 0 0 0 0 2 0 0 ...
$ Empnig: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Junbuf: num  0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Junart: num  0 0 0 3 0 0 4 0 0 3 ...
以下略

str(dune.env)
'data.frame':   20 obs. of  5 variables:
$ A1        : num  3.5 6 4.2 5.7 4.3 2.8 4.2 6.3 4 11.5 ...
$ Moisture  : Ord.factor w/ 4 levels "1"<"2"<"4"<"5": 1 4 2 4 1 1 4 1 2 4 ...
$ Management: Factor w/ 4 levels "BF","HF","NM",..: 1 4 4 4 2 4 2 2 3 3 ...
$ Use       : Ord.factor w/ 3 levels "Hayfield"<"Haypastu"<..: 2 2 2 3 2 2 3 ...
$ Manure    : Ord.factor w/ 5 levels "0"<"1"<"2"<"3"<..: 3 4 5 4 3 5 4 3 1 1 ...

duneは20地点での30種の植生データで、dune.envはその地点の環境データのようですね。A1は土壌のA1層だと思います。そして、duneはdune.envは行で対応しているようで、1行が一つの地点の種および環境データになっています。

(dune.dist <- vegdist(dune))
           2        13         4        16
13 0.6000000                                                                                          
4  0.3563218 0.5128205                           
16 0.8933333 0.6060606 0.6666667
6  0.5111111 0.7530864 0.6344086 0.8518519
以下略

と、次に総当たりで類似度を求めて、

attach(dune.env)
dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
summary(dune.ano)

最後にanosim()の結果を出力しています。
第一引数が類似度行列、第二引数が環境条件。この場合は、management(4因子)によって違いがあるか?を調べたい。
出力結果は、

Call:
anosim(dis = dune.dist, grouping = Management)
Dissimilarity: bray

ANOSIM statistic R: 0.2579
      Significance: 0.006

Based on  1000  permutations

Empirical upper confidence limits of R:
  90%   95% 97.5%   99%
0.122 0.165 0.192 0.235

Dissimilarity ranks between and within classes:
        0%   25%    50%     75%  100%   N
Between  4 58.50 104.00 145.500 188.0 147
BF       5 15.25  25.50  41.250  57.0   3
HF       1  7.25  46.25  68.125  89.5  10
NM       6 64.75 124.50 156.250 181.0  15
SF       3 32.75  53.50  99.250 184.0  15

"Significance"がP値で、この例だと0.006なので、有意ということなんでしょう。
で、0%から100%まであるのが信頼区間なのでしょう。

さらにplot(dune.ano)で信頼区間の箱ひげ図が確認できて、betweenからずいぶん離れていると異常なんだそうです。notch=Tになっているので、箱のへこみが重ならないなら、その群集同士は違うものととらえていいんでしょう。

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