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2008年3月

生態系サービス

立て続けに本を買ってしまう時期がある。

生態系サービスと人類の将来―国連ミレニアムエコシステム評価 Book 生態系サービスと人類の将来―国連ミレニアムエコシステム評価

販売元:オーム社
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金子先生をはじめとする横国大のグループが翻訳した国連 Millennium Ecosystem Assesment本。横国大の友達はMEA本と確か言っていた。

この本で今世の中が生態学者に何を求めているかの傾向と対策を勉強して、公募書類、特に学振書類での謳い文句を探ろうと思う。

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ウェタ2

ウェタについてネットで調べたら、「とある昆虫研究者のメモ」のウェタに関する記事がヒットした

ウェタが哺乳類や鳥類の代わりに種子散布者としての役割を果たしているらしい。研究で使われたのはツリーウェタのようだ。

種子はどれくらいの大きさなのだろう?いくら大きいバッタでもサクランボのような大きい種は飲み込めないだろうから、小さな種なんだろう。

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ウェタ

うちとは別の研究室で、ウェタを飼育している研究員さんがいる。

ウェタは巨大なカマドウマの仲間でニュージランドに生息している。バッタの仲間では珍しく越冬し、低温耐性能力があり、その低温耐性能力があるたんぱく質の研究をしているらしい。また、主に飼育している研究員の方は神経生理が専門らしいので、行動関係の仕事にも使う予定らしい。

興味本位で見せてもらった。

ウェタは数種類いるらしく、ここで飼育しているのは2種。

Treeweta  

 

朽木(?)の中で生息している「ツリーウェタ」。威嚇するときは後ろ脚をあげて、棘を見せる。

Alpineweta  

山の上の岩の中で生息している「アルパインウェタ」。これは威嚇のときひっくりかえって牙を上にしてかみつく。まるでハムスターのようだと思ってしまった。

農水省から許可を得て厳重に管理しながら飼育しているそうだ。ここの研究室から出してしまうことすら違反で、死んだらオートクレーブにかけなくてはいけないのだそうだ。

標本にすらできないのはもったいない気がする。

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勢いで買ってしまった

研究室の研究員の方と昼食を食べながら雑談をしているときにベイズの話になり、「Rを操作しながら勉強すれば覚えるかな?」なんて話になり、「これなら勉強できるかも。」と調子づいて買ってしまった。

Bayesian Computation with R (Use R) Book Bayesian Computation with R (Use R)

著者:Jim Albert
販売元:Springer-Verlag
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この本は飯島さんが輪読会を主催されている。レジュメがアップされているがすべて揃っていない。

あとは、著者のウェブサイトとかこっちもある

本の補足サイトもあるようだ。

はたしてCrawley本を読んだ時のように開眼するだろうか。

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更新・Matrix

Matrixパッケージが更新されたようだ。

直接このパッケージを読み込んで使っているわけではないが、lmerでいっしょに使うことになっているので、更新しておいた方がいいかも。

lme4パッケージも更新間近か?

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飲み会明け

飲み会が終わり、早起きしようと思ったができず。

研究室の引っ越し作業はなかなか終わる気配を見せず。

事務書類書かないと。
28日締切と31日締切の書類あり。

全然、勉強ができない。

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卒業式

今日は卒業式。

そして夜は飲み会。

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学振の季節

学振の募集がはじまった。

これから1ヶ月が学振書類との戦いだ。

日本語の難しさも痛感することになる。

早く着手したいけど、いまは研究室引越しの真っ最中。

落ち着いて書けるのは来週からだろう。

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クロツラヘラサギ

和白干潟で見たクロツラヘラサギ。
Kurotura  

 

九州で大きいサギを見たらコイツラの可能性が高い。

クロツラの群れの中にたまにヘラサギが混じっていることがある。

世界的にみるとヘラサギよりもクロツラの方が稀少らしい。

Kurotura2

 

 

これがクロツラの飛翔しているところ。

サギ類との大きな違いは首で、

ダイサギとかコサギなどのサギ類は首を折りたたんで飛ぶのだが、クロツラヘラサギやヘラサギは首を伸ばして飛ぶ。

分類表とかを見ればわかるのだが、クロツラヘラサギは”サギ”と名前がつくのだが、サギの仲間ではなくトキの仲間。

見たことはないけれど、トキも首を伸ばして飛ぶのだろうな。

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イスカ

春と秋の渡りの季節になると北大構内にイスカがやってるようになる。

拙者はずっとイスカを見てみたいと思っていたがなかなか機会に恵まれず、北大に来てから2年間一度もイスカを見たことがなかった。

今日、やっとイスカを拝むときがやってきた。

Isukaosu  

 

 

なかなか木の上にいていい写真がとれない。
双眼鏡で見ればなんとか嘴ちがいが見えるのだけど、写真じゃ難しい。

たまたま地面におりて水を飲むメスの撮影に成功した。
Isuka  

 

 

自分の腕ではこれが限界なのかな。

うーむ、ある程度枝の上に止まっていてくれることだし、スコープを持ち込んでデジスコするか?

北大メインストリートでスコープ持ち出して観察はちょっと気が引ける・・・。

記録
2008年3月22日 北大構内
ハシブトガラ、ゴジュウカラ、イスカ、ヒヨドリ、ハシブトガラス

イスカは302種目のライファになりました。

そういえば鳥王くん着実に数を増やしているようだな

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発表のワザ

これから論文を書く若者のために 大改訂増補版 Book これから論文を書く若者のために 大改訂増補版

著者:酒井 聡樹
販売元:共立出版
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上記の本で有名な酒井先生が新しい本の計画を練っているそうです。

その名も『これから学会発表をするわかもののために

いくら研究の質がよくたって、伝え方が悪いと相手は理解してくれない。理解してくれなければ評価してくれない。特に最近はポスター発表に関しては優秀賞とか出して若手を積極的に奨励し始めている。学会でのポスター賞は履歴書の賞罰欄に書けるのでもらっておくとあとあといいことがあるかもしれない。

ポスター発表は、自分の発表のウリを凝集したもので、なんでもかんでもポスターに書けばいいものではなく、ある程度情報を絞り、そして見やすく表示しぱっと見ただけである程度の理解ができるように作るのが理想だ。

直観的な理解が優先されるので、論文や口頭発表のときのように

「序論」「目的」「材料方法」「結果」「考察」

と並べるのは必ずしもよいとはいえない。
だいたいこの方法でポスターを作ってしまうと研究で一番言いたいことである「考察」部分が一番下の部分になってしまい、非常に見にくくなってしまう。
そして一番見やすいところに「材料方法」が来てしまって、「あなたの言いたいことは方法なんですか?」と思われかねない。
材料方法なんて、興味を持った人がより詳しくその研究について知りたいときに見ればいいことなので、下の方に置いておけばよい。(方法がウリのときはこの限りではないけど)

ポスター発表をしたことない人は最初にこの順番を崩すことに非常に抵抗を感じることが多いようだけれど、実際順番を崩すと崩さないとではぱっと見の理解のしやすさがまったく違う。学会でのポスター発表は、大勢の人が同時に発表するので見る人も理解しやすいことが良いに決まっている。

そんなこんなで、酒井先生は本を書かれるそうです。
そして、今回の生態学会のポスター発表で縮刷版を配布している人からもらいまくり、総数175枚集めてその中からわかりやすいポスターを発表している。自分も会場に縮刷版を置いておいたので、175枚のうちの1枚は自分のものなのだろう。

残念ながら自分は選ばれなかった。まだまだ修行が足りないということだな。

酒井先生が選んだ最優秀賞のうち絶賛の飯島さんのポスターはご自身のサイトで掲示されている。(パワポファイル)

見てみると非常にわかりやすい。
しかしながら、拙者自身の発表でここまで情報を削れるか?と考えてしまう。
ある程度、自分の使っている動物はかなりマイナーな動物なので、ある程度説明をしないといけないと思うし。

いづれにせよ、これらを参考にして次回も頑張ります。

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学会の戦利品

学会会場では出版社などがブースを開いて本をちょっぴり安く売ってくれる。

今回は2冊購入。

土とは何だろうか? (学術選書) Book 土とは何だろうか? (学術選書)

著者:久馬 一剛
販売元:京都大学学術出版会
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土壌の基礎知識を得るにはよさそうな本。
金子先生がご自身のブログに書評を載せている。

そしてもう一冊。

Book カエル・サンショウウオ・イモリのオタマジャクシハンドブック

販売元:文一総合出版
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出版前ということでアマゾンでは表紙の画が出ていないようだが、この本を買った。これも学会ということで出版前にちょっぴりお得に買うことができた。

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生態学会が終わった

生態学会が終わり家に帰ってきた。

福岡は、あったかいというか暑いくらいなのだが、北海道は相変わらず寒い。
いずれにせよ、根雪はほとんどなくなってきたので、自転車通学を再開できそうだ。

うちの研究室では、2人ポスター発表した。お互い違う分野で発表したのだが、2人揃ってポスター賞をとることができた。
どちらともわりと激戦区の部門だったので、そこで賞が取れたことは素直にうれしい。

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和白干潟

和白干潟
ただいま福岡出張中のため携帯からの更新

博多から電車で気軽に行けるところと言えば和白干潟。
朝は雨が降り10時くらいにやんだので宿を出発。下調べをあまりしておらず確か西鉄に乗れば行けるはずと貝塚から西鉄乗車、和白駅で降りてみると『あの電波塔』が目の前にあった。浜に降りて早速鳥見開始。カモがいっぱい。北海道ではマガモ以外の淡水ガモはそれほど見ないので久しぶりにみる淡水ガモたちが新鮮に見える。ヨシガモ、オカヨシを久し振りに見た。
湾沿いを歩いていくと大きいシラサギの群れを見つける。九州で大きいサギの群といったら、あのトキの仲間ですな。双眼鏡でじっくり顔を確認するとみんな黒でした。
このあと、写真を撮ろうとじりじり近づいて行ったときにみんな飛ばしてしまった。お陰で飛ぶ写真は撮れた。いずれにせよ反省。
沖の方にツクシガモらしき鳥がいたけど双眼鏡ではよくわからず。

途中和白干潟を守る会に所属するおばあちゃんに会う。話によるとクロツラは8羽来ているそうだ。ズグロカモメは最近あまり見ないのだそうだ。1月くらいだとまだいるそうだが。そろそろ夏羽が見れると思ってそれが一番楽しみだったので残念だ。

記録 和白干潟
カワウ、クロツラヘラサギ、ダイサギ、コサギ、アオサギ、ツクシガモ、マガモ、カルガモ、ヨシガモ、オカヨシガモ、ヒドリガモ、オナガガモ、ミサゴ、イソシギ、タシギ、キジバト、ヒバリ、ツバメ、ハクセキレイ、ヒヨドリ、シロハラ、ツグミ、ウグイス、セッカ、スズメ、ムクドリ、ハシブトガラス
27種。キャナルシティ横にはユリカモメがたくさんいた。

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アカゲラ

水曜昼休みは、研究所有志で鳥見の時間。

先週は研究所の周りを一時間かけて一周したが、一周するまでもなくいろいろな鳥が現れてくれたため、一か所にとどまって鳥を見た。

今回は、アカゲラがよかった。
ドラミングをしてくれたり、鳴き声を聞かせてくれたり、最後には近くで姿を見せてくれた。
Akagera

 

 

記録 北大構内
アカゲラ、シメ、ゴジュウカラ、ハシブトガラ、シジュウカラ、ヒヨドリ、ツグミ、スズメ、ハシボソガラス、ハシブトガラス

鳥見とは別に構内を歩いていたら弓道場の上でレンジャクらしき鳥4羽確認。そのときは双眼鏡を持っていなかった。

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旭山動物園

冬の旭山動物園ははじめて。
今回は、バスツアーで行くことにした。安いし、楽だし。

お目当てはもちろんペンギンの行進。
2月までは1日2回なのだが、3月になって午後の1回だけになってしまった。結構雪が溶けてしまっていて、職員さん達がペンギンの通り道に雪を集めていた。

土曜日だけあってすごい人だった。
動物園に集まった人がみんなペンギンの行進をみるために集結しているんだと思う。
並ぶのに出遅れてしまったため、後ろの方で待機することになり、バスの時間ギリギリのところでなんとか目の前でペンギンの行進を拝むことができた。

Peng  

 

 

Peng2  

 

 

カワイイ。

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オフィス2007のオートシェイプ

オートシェイプの塗り分けで、点点とか波線とかがオフィス2007のパワーポイントやエクセルではできなくなっている。

Screenton つまりこういう点点とかのやつ

 

 

しかし、なぜだかワードでは作成可能なので、パワーポイントで使うにはワードで作って、パワポにコピペしなくてはならない。

すごく面倒。なんでこんなことになったんだ?

ちなみにRのグラフィック機能では、この点点とかをグラフに入れる機能がない。いつか実装してくれないかなあと思う機能です。

あとイラストレータではこういう点点とかが簡単に入れる機能はあるのかな?せめてイラストレータでできれば、Rで出力したグラフを修正して点点をいれることができるんだけど。

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ポストスクリプト

画像入りのPDFを作ると、どうしても容量が重くなる。5MBとかになってしまうと、メールに添付できなくなってしまう。宅ファイル便とか使ってもいいけど、送受信にかなり時間がかかってしまうためにちょっと不便。

やはり元ファイルが小さいがいいに決まっている。

その解決策として、ポストスクリプト形式にする方法がある。

アクロバットが必要になるが、アクロバットでPDFを開いて、そのファイルをポストスクリプト(.ps)で保存する。そして出力された.ps形式のファイルを開くだけで新しく軽くなったPDFファイルが作成される。

出力された結果は見た目はほとんど変わらない(対応していないフォントは置き換えられる)のに、ファイルサイズは非常に軽くなる。
自分の修論のファイルは、もともと11MBあったのに、ポストスクリプトを介すと、550KBになってしまった。

なんなんだこの差は?

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いまごろアース

公開終了間際になってアースを見た。

すばらしいですね。

やっぱり大群とか体の大きな動物を撮ると迫力があってすごいです。
ほとんどが上からの視点なのもまた迫力が増している気がします。
それにしても欧米人はなんで自然の映像を撮るのがうまいんでしょうか?

「なにかあんな感じでダイナミックな研究できないかな?」

小動物の研究をしている拙者と一緒に見に行った微生物の研究をやっているドクターの先輩と思ってしまいました。

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共立出版3月の新刊

共立出版の三月の新刊は、生物関係の本が3冊出る

そのうちの一つが横国の松田先生の著書だ。15章もあって全部「リスク」が頭にきている。話の内容も化学物質から外来種までと多岐にわたっている。シカやクマの話も載っているので、そこら辺は個人的に興味がある話です。

共立出版は、最近好きになった出版社で、生物関係の本もコンスタントに出しているし、何と言ってもプレゼント企画がある。毎月の新刊本を1冊ずつ応募者にプレゼントしてくれる。拙者も一度当選したことがあって、とある生物関係の本をもらったことがある。それ以来、毎月共立出版の新刊はチェックしている。
ほしい本は毎回応募しているけど、もう当たることはないだろうな。

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お昼休み探鳥会

研究室のPDの方が、研究所内の方を対象にお昼休みを利用した探鳥会を開いてくれた。

Kansatu  

 

 

お昼休みの小一時間研究所の周りをブラブラして鳥を探す。

最近は寒さも緩んできて、小鳥たちのさえずりが聞こえるようになってきた。
研究所の玄関では、ハシブトガラが玄関横の木の上でちょこまか動きながらさえずっている。

参加者の方のほとんどが初心者なので、スズメから一つ一つ教えてあげる。PDの方は、スズメやカラスの研究もやっている方で、大学構内のカラスのなわばりなども観察して知っているので、「ここは去年あの木で営巣して・・・」などの話を聞きながらゆっくり所内を散策した。決して出てきた鳥の数は多くはないのだけれども、PDの方のお話でみなさん飽きることなく観察を続けることができた。

記録 2008年3月5日 北大構内
シジュウカラ、ハシブトガラ、スズメ、ヒヨドリ、ツグミ、カケス、ハシブトガラス

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本を買った2

昨日の本と一緒にもう一冊買った。

ゲノム進化学入門 CD-ROM付 ゲノム進化学入門 CD-ROM付

著者:斎藤 成也
販売元:共立出版
Amazon.co.jpで詳細を確認する

拙者は現在、DNAを扱った研究はしていないんだけど、いつかまた、機会があったら取り組みたいと考えている。そこで、最近出たこの本でゲノム関連の基礎を勉強しながら、いつか来るかもしれない機会を待つことにする。他分野の勉強は息抜きにもなるし、新しい研究のアイデアが浮かぶかもしれないし。特にゲノム関係の話を聞いたり考えたりするのは、脳がメキメキ働いている気がして楽しいので、息抜きにすこしずつ読み進めていきたいと思う。

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本を買った

アマゾンで本を買った。

岩波講座物理の世界 物理と情報 (3)  ベイズ統計と統計物理 岩波講座物理の世界 物理と情報 (3) ベイズ統計と統計物理

著者:伊庭 幸人
販売元:岩波書店
Amazon.co.jpで詳細を確認する

「ベイズ本の中では、一番簡単な本」と著者がまえがきで書いている。ページ数も100ページと薄い。まずはこれを読んで、ベイズ統計の基礎が学べればいいなと思っている。

統計物理と言っても一章で出てくるのはメンデルの法則であるので、生物屋さんでも入り込みやすいかもしれない。

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スキー

久しぶりにスキーをした。

スキー場でも何か鳥がいないか探したけど、ほとんどいない。

同行した人がキレンジャク10羽くらいの群を見たらしいんだけど、自分は滑るのに精一杯で気づかなかった。

記録 2008年3月2日 キロロスキー場
シジュウカラ、キレンジャク

自分が見たのはシジュウカラだけ。

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マイリスト

リンク集を作ってみた。

とりあえず、巡回している大学教官のブログ。

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Crawley本解説のまとめ

Statistics: An Introduction Using R Statistics: An Introduction Using R

著者:Michael J. Crawley
販売元:John Wiley & Sons Inc
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この本は、統計の入門的な勉強をしながら、Rの操作まで学べてしまう良書だ。
去年、研究室でこの本を輪読したおかげで、RとGLMの理解がかなり深まった。

その本の参考になりそうなリンクのまとめ。

まずは、本のサイト本文中のコードが載っているだけでなく、かなりの量のexeciseも一緒に載っており、これも非常に参考になる。

そして、三中先生書評
Crawleyがこの本で言いたかったことがわかりやすくまとめられています。

あと、この本の要約をネットで見つけた。
名古屋大学の生態生理学分野をはじめとする方々が輪読会で使ったと思われる資料をまとめてくれている。210ページにわたる大作で、目次と索引までついてます。
すごいです。これは非常に参考になると思います。

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