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2008年9月

測量山~長流川

TOEFの鳥の研究やっている人2人を連れ、測量山にタカの渡りを見に行く。(2008.9.27)

Sokuryo1

天気もよし。眺めもよし。

しかし、風が強く寒いし、肝心のタカが出てこない。

ミサゴが1羽飛んだだけ。

札幌から出た知り合いたちが先にいると思ったが、いないので電話してみる。

電話に出た、kimくんは、「ツミとハチクマをいっぱいみたので有珠山に行くことにしました。」
とのこと。

なんとまあ・・・・

Sokuryo2

そうこうしているうちにだんだん雨が近づいてきているので車に避難。

雨がやんだところでミサゴを4羽ほど見て、寒い上にまた雨が迫ってきたので退散。

長流川に行ってみることにした。

長流川には、オオハクチョウやカワイサのメスかオスのエクリプス達の群れを観察。

あとは、オオセグロとウミネコの群れ。

Seguro Seguro2

上の個体はこの場ではもしかしたらモンゴルかもと思ったが、帰って鳥くん図鑑を見直したらそうではなさそうだ。
残念。

まだ、モンゴルは見たことないので自力で見つけたいものだ。

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煩悩

物欲の煩悩を消すにはそれを買ってしまうのが一番だ。

そろそろ本気でデジ眼を買おうとカメラ屋に行ったら、以前よりも高くなっていた。
夏のセール中に買っておけばもっと安く買えたのか。

やっぱりネットで買ってしまうか。

Nikon デジタル一眼レフカメラ D60 レンズキット D60LK Nikon デジタル一眼レフカメラ D60 レンズキット D60LK

販売元:ニコン
発売日:2008/02/22
Amazon.co.jpで詳細を確認する

さんざん迷った挙句、NikonD60にしようと思う。
しかもダブルズームではなく、ただのレンズキット。

kakaku.comで確認するとamazonのレンズキットが結構安い。
しかも、ボディー単体よりも安い。

予算はあるわけだし、さっさとポチッと購入ボタンを押してしまおう。

時間を遅らせれば遅らせるほどシャッターチャンスを逃す。

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エゾリス大忙し?

最近よくエゾリスを見る。

Ezorisu

このエゾリスも調査中に見つけた。

はじめ地面を何かがゴソゴソやっていたので、カエスか何かと思って近づいてみると、

バビュ~ンと鳴きながら木に登って行った。

さっさと逃げればいいものを木の上でこっちを皆がら威嚇でもしているのか、鳴いたり、パチパチ音を立てながら木の上を動き回った。

そっちはビビって威嚇しているつもりでもこっちからしてみりゃただカワイイだけだ。

上のビデオは、リスの動きよりも出す音に注目してください。

グルルル・・・とリスも鳴くのですね。ムササビの仲間なんだと実感しました(包含関係は普通逆だけど)。それにジャンプするときの「バビュ~ン」っていう鳴き声が面白い。

今年はミズナラの実のなり年だからリスも忙しいのだろうか?

一日に2度リスを車で轢きそうになった。飛び出し注意。

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ハチトラップ

スズメバチトラップをかけたところ早速スズメバチがかかった。

Beetrap

キイロスズメバチが2匹。

目的のクロスズメバチはこのトラップでは駄目なようだ。

他のトラップ方法を考えなくては。

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昨日はなかった

フィールドで作業しているとカサカサとかブーンとかいう音が聞こえるので、そっちの方向を覗いてみると、

Kumahun1 見たこともない黄色い虫が糞にいっぱいついてる。

っというのは問題ではなくて、

Kumahun2

このサイズの糞をするのって、ヤツしかいないじゃん。

これ、昨日はなかったので、昨日の晩か今朝がたってことか。

気をつけておかないと洒落にならん。

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prepRISA

ARISAで読んだピークとマーカーのずれを自動補正してくれるソフトがあるんだろうなあと思っていたらやはりあるそうな。

prepRISAというソフトで、ここに他の微生物群集解析ソフトやRプログラムとともに置かれている

ちなみにこの親ディレクトリはあのade4のサイトだ。
ade4は、生態学の解析に使えるパッケージだが、どう使っていいか全然わからない。
しかも、チュートリアルが書いてありそうなページはフランス語だし。

で、このプログラムの作者と思しき人が、UseR!2008発表しているようです
アブストスライドのリンクを張っておきます。
このスライドだとprepRISAがRのパッケージの一つのように書いてあるけど、CRANやBioconductorにはないんだけど。どうやってつかうんでしょ?

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スズメバチ退治

スズメバチを退治するにどうすればいいか先輩に聞いてみたら、ペットボトルを使う方法があるとのことでネットで、「スズメバチ ペットボトル」と検索したら出るわ出るわ。

誘引剤は酢系のすっぱい匂いがするものがいいらしい。

持ち合わせに酢はないので、とりあえずハチミツとビールでやってみよう。

クロスズメバチは他のスズメバチと行動が違いそうだからうまくかかってくれるだろうか?

youtubeでスズメバチトラップの作り方が軽快な音楽とともにあったので貼っておく。

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ハチクマ希望

今日も野良仕事。なーんかブンブンいってるなあと思い、ふと気付くとクロスズメバチに包囲されている。
やばい!!と思い、退散。
少し遠巻きから見るとクロスズメバチたちが地面に吸い込まれていく。

Kurosu1 Kurosu2

自分は、クロスズメバチの巣の目の前で作業をしていたようです。

あわててカッパを着て雨でもないのにフードもかぶり全身ブルーにして作業を続ける。
巣の目の前で作業をしていても、周りでぶんぶんいっているが、特に襲われることはなかった。

しかしながらどうするかな~。巣を刺激しなければ襲われない。けど怖い。

殺虫剤使うと調査プロット内だから影響ありそうだしなあ。

ハチクマがこの巣を襲ってくれないかな。

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ぐんぐん下がる気温

今朝の天気予報で「Tシャツが着られるのは今日まで」としきりに言っていた。

最近、昼と夜の寒暖の差が大きいと思っていたが、明日の雨で昼間の気温もぐっと下がるようだ。

あと一か月くらいでTOEFの夜はマイナスになる。
夜の調査はしたくないものだ。

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基本には忠実に・・・

先輩のpredict()技コンサルをしていて、なんかうまくいかないことがあった。
間違いなくコードを書いているのに、期待通りの返り値が出てこない。

コードをよーく見て、一つ一つのコマンドを検証していくと、失敗の原因は先輩のモデルを作る時のクセにあることが判明した。

glm()のヘルプにあるGammaのデータを使って検証。(R 2.7.2)

clotting <- data.frame(
    u = c(5,10,15,20,30,40,60,80,100),
    lot1 = c(118,58,42,35,27,25,21,19,18),
    lot2 = c(69,35,26,21,18,16,13,12,12))

mod<-glm(lot1 ~ log(u), data=clotting, family=Gamma)
mod2<-glm(clotting$lot1 ~ log(clotting$u), family=Gamma)

predict(mod,list(u=1:5))
           1             2             3             4             5
-0.0165543817 -0.0059193449  0.0003017529  0.0047156920  0.0081394091

predict(mod2,list(u=1:5))
          1           2           3           4           5           6           7           8           9
0.008139409 0.018774446 0.024995544 0.029409483 0.035630581 0.040044520 0.046265617 0.050679556 0.054103274

要するに、先輩はmod2のようにモデルを書く際に"$"を使って書くクセがあり、これがpredict()の引数newdataをうまく認識させていないことがいけなかった。

普通、glm()ではデータフレームをattach()するか、引数dataを用いてデータを指定するのだが、あまり使わない"$"を使ったことによりRの内部で予期せぬエラーが生じてしまったようだ。

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predict()

先輩2人から立て続けにpredict()を使って回帰線の引き方を聞かれた。

set.seed(10)
number<- c(rpois(20,9),rpois(20,20),rpois(20,15),rpois(20,27))
area<- c(rep(10,20),rep(25,20),rep(18,20),rep(32,20))

5月20日の日記のデータの一部を使ってやってみる。

predict()を使った回帰線はCrawly本で解説されているので、それを参考にする。

単項のときは簡単。

モデルを作ったら、x軸のベクトルを作りpredict()の引数newdataにlist()で入れればいい。

mod1<- glm(number~area,family=poisson)
plot(area,number)
xv1<- seq(10, 32, 0.05) #xの値
yv1<- predict(mod1, newdata=list(area=xv1),type="response") #yの値
lines(xv1,yv1,col="red")

xの値が細かいほどなめらかな曲線が描けます。

次に、説明変数が複数あった時はどうすればいいのか?

説明変数が二つあった場合、
予測値=切片 + aX + bZ (a,bは係数)

なので、X、Zは同じ長さのベクトルを用意する必要がある。

Crawly本では、要因ひとつ連続変数ひとつの例が書かれており、この場合は、要因ごとに連続変数を指定して線を描いている。

 

連続変数が2つ以上ある時は回帰線を描くのが難しい。

set.seed(10)
number<- c(rpois(20,9),rpois(20,20),rpois(20,15),rpois(20,27))
area<- c(rep(10,20),rep(25,20),rep(18,20),rep(32,20))
food<- c(rnorm(20,14), rnorm(20,33),rnorm(20,25),rnorm(20,45))
mod2<- glm(number~area+food,family=poisson)

この場合、areaの変動を作図したいときにfoodも指定しなければいけないが、foodの範囲をどうすればいいのだろう?

この場合、foodをある数値に固定して線を描くか5月20日の日記のように、一点一点、areaに対して他の変数が変動した値に対しての平均を求めて線を描くのがいいのかな。

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突然のデータ入力

短報論文の修正。

殿から、コメントをもらい。さらに別の切り口から解析項目を増やすことに。

けど、それをやるには、殿の修論のデータを使う必要があるのだが、どうやら生データを入力したファイルをなくしてしまったようで、記録用紙からデータ入力しなおすことに。

まさか、指導教官の修論研究のデータを入力することになるとは・・・
よく残っているもんだ。そしてそれが10年以上経ってもまた使うことになるとは思いもしなかった。

ドサっとあるファイルをパチパチ入力。
昼間はフィールドがあるので、夜の作業はこれになりそうだ。さっさと入力終わらせて解析しないと。

こうやって解析項目が増えて、Discussionも増えてFull paperにならんもんかと欲が出てしまう。

 

そういえば、学会中に殿の師匠にあったのだが、以前自分が解析をした論文が受理されたそうな。
早い。さすがだ。

謝辞に自分の名前が載ることでしょう。これで、研究室の先輩のSEMを使った解析の手伝いをした論文と謝辞に自分の名前がつくのは2本目。
謝辞に名前が載るのはうれしいが、さっさと自分の筆頭論文を出したいもんだ。

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山大ネコ

山大では人懐っこいネコがいた。

会場を移動中に「ニャ~ン」となくネコが目の前に現れ自分の足にすり寄る。

Yamadaicat1 Yamadaicat2 Yamadaicat3_2

2匹ともオス。

普段はこうやって学生から食べ物をせびっているのだろう。今は夏休みで学生が少ないからなのか、2匹とも痩せていた。

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マイエクスカーション

哺乳類学会のエクスカーションにあぶれてしまったので、一人エクスカーションとして、きらら浜自然観察公園に向かう。

この日は、朝から雨。会期中で一番天気が悪い。

湯田温泉から新山口駅で乗り換え阿知須駅から徒歩。

とりあえずビジターセンターに入るだだっぴろく広がった人口干潟にはシギチはいなかった。

レンジャーの方に聞いてみると、こんだけいない日はそれほどないのだそう。

いつもは、ミサゴが5羽くらいいて杭につかまって魚を食べるが今日は遠くに一羽。

昨日は、ツバチがいたそうな・・・

レンジャーさんと色々話をして時間を潰し、閉館間際にシギチが少しではじめる。

アオアシシギ、ソリハシシギ、イソシギ、シロチドリ・・・・

うーむ。シギチ運急降下。
今年はヘラシギで使い果たしたか?

Nestここで発明されたカイツブリ用巣箱。

Nest2 こんな感じで使われるそうです。

ぷかぷか浮いているので、水位の変化に対応。波にも強く、カメも上陸できず、カラスの攻撃も遮るそうです。

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中型肉食につけるGPS

以前ちょっとだけ調べたGPSテレメ

学会のポスター発表で日本の中型肉食獣研究の第一人者の一人佐伯女史がGPSテレメについて実験をしてくれていました。

使った機種はドコモのCTG-001G。電話機能がない発信機。
んで、会社はロケーション株式会社というところ。

これは結構よさそう。
測位の誤差も問題のない範囲だそうだし、携帯のエリア内ならリアルタイムでデータを引っこ抜ける。しかも、法人契約だと、自動検索で最短10分間隔で測位できるらしい。

お値段もわりかし安い。

問題なのは、重さ。
68gでタヌキには適用可能だが、テンにはきついか。

そして、この機種は『FOMA』であること。FOMAはエリアがまだまだ狭いですから。AUでCTG-001Gのような軽い機種が出てくれればよいのだが。

最大の問題はバッテリー。
一週間くらいしかもたない。そのうち、長寿命バッテリー搭載機を出す予定だそう。

このGPSテレメ。近い将来実用化が可能な気がしていいですね。

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山大の近くの鳥見スポット

土曜日、朝早めに起きて山大近くの鳥見スポットである椹野川で鳥見をすることにした。

山大鳥研のコースを逆走する。

Fushino

いきなりダイサギの死体。

Shidai ヒヨドリとかムクドリを横目に進んでいると、ツバメ類が飛んでいるのを見つける。

Sekaka コシアカツバメ。
久しぶりに見た。やはり西日本はコシアカツバメが多いです。

久しぶりといえば、
Seguro セグロセキレイ。
北海道には少ないです。

他にはキビタキが一瞬飛んでいくのやゴイサギ(幼鳥)を飛ぶのも見た。
ゴイサギも久しぶりだ。

あとはまあ、カイツブリ、コサギ、ダイサギ、アオサギ、トビ、モズ、スズメをみたかなあ。

山大鳥研の人達と途中で遭遇するかと思ったが、結局であえず。夏休みだからどっか遠征しているか、実家にかえっているのでしょうな。

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有意義だった!!

13日の学会無事終了。

ポスターをいくつか巡り、今後のお互いの発展につながるような話をしたり、統計自由集会の聴衆の一人として参加し、そのあとの懇親会にも出席。そこで、East_Scrofaさんとオフラインではじめての接触。統計の話のみならず、センサーカメラやお互いの研究などの話をして盛り上がった。
さらに、遠洋水研の方々や中型肉食で有名な佐伯女史ともお話をし、お近づきになれた。今後、哺乳類学会で統計の話を発展させましょうと盛り上がった。

統計懇親会で惜しむらくは、あれだけたくさんの参加者がいたのに、懇親会がこじんまりだったことか。参加したのが運営メンバーと北海道勢(北大3、森林総研北海道支所1)という微妙に内輪だった。それでもまあ、大いに盛り上がり、今後もつづけることを考えると、これを基点として今後はいろんな人に参加してもらえたらいいなと思う。

今回の収穫というかちょっとした義務みたいなものが生じてしまった。北海道勢で、カエルベイズ本の輪読の音頭とりをやらせられることになりそう。まあ、一番下っ端だからしょうがないか。けどこれもチャンスだ。

Bayesian Methods for Ecology Bayesian Methods for Ecology

著者:Michael A. McCarthy
販売元:Cambridge University Press
Amazon.co.jpで詳細を確認する

遠洋水研の方々および佐伯女史は、新山口に宿をとっているそうなので、駅までお送りする。今後も以後お見知りおきを。

さて宿に帰ろうかなと思っていると、知った顔に出会う。
そのまま自分的な3次会に流れ込む。
そこでもなんか盛り上がった。

さてさて明日はどんな出会いがあるのだろうか。

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山口の学会1日目

この日は移動日。

11:30発の飛行機に乗り、羽田を経由して山口宇部空港についたのが4時前。

そこから新山口へ移動して、湯田温泉に到着した時には5時をとっくに過ぎていた。

修士の同期で現在山口で働いている友達に連絡して夜の山口観光。
彼は、大会の中の人の一人なので、大会の運営の大変さを聞きながら、五重塔やザビエル聖堂に行ったりと1時間半ほどドライブをした。

明日から学会本番。

East_Scrofaさんの自由集会とかいろんな発表を聞きに行こう。

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珍鳥なんだけど

早朝のシギチ探し。後輩と二人でまずは新川河口へ。メダイチドリ4羽とトウネン7羽。以上。

いしかり調整池へ。池直前でカラスに追われるハヤブサを見る。いやな予感がして池を見渡すとやはりシギチがいない。既に飛ばされていたか。遠くにカモがいるが、無視。
当別川石狩川合流点。
タシギ3羽。他にはシラサギがいる。よく見るとチュウサギだった。北海道では珍しいし、初めて見た。しかし、二人ともいまいち盛り上がらず。二人とも東京出身なので本州で普通に見ていた。ここに北海道で鳥見を始めた人がいればちょっとは盛り上がったろうに。

以上鳥見終わり。後輩は大学まで送り自分は山口へ出発する。

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ミズナラ豊作

Mizunara 今年はミズナラの実が豊作のようだ。

前回のなり年は5年前だったらしい。このときの実生は林内のいたるところですくすく育っている。

ここ1,2年TOEF内ではネズミが少ないらしい。来年は、このドングリのおかげでネズミ類も豊作となるだろうか。

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ミヤマカケス

ミヤマカケスが近くで撮影できた。

Miyakake1

 

さらに近づく。

Miyakake2  

Miyakake3 ミヤマカケスの特徴である、ゴマ塩じゃない頭。

記憶があいまいだが、確かカケスはこの頭の個体群は大陸にいて、ゴマ塩の頭のカケスは日本固有だった気がする。

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アメリカセンサーカメラ~bushnell~

bushnellのセンサーカメラで小型獣の写真が撮れた。

Bush1

Bush2

被写体がカメラに近いので、ピントが甘くなってしまう。

しかしながら画質自体は他の機種よりもいい気がする。

フラッシュは近くを撮影するため、ティッシュを噛ましているが、水にぬれると、光の遮断率が下がってしまう印象がある。

そのため、もうすこし厚めにティッシュを噛ました方がいいかもしれない。

その点、フラッシュにかぶせるティッシュをハウジングの中に入れられるOutfitter CamやWildViewは便利だ。

Bushnellは前評判では、水に弱く雨に降られると浸水するなどと書かれていたが、今のところは大丈夫そうだ。

シャッターのタイムラグも少なく、画質もよく安いのでなかなかよい機種だと思う。
ただ、バッテリーの持ちが不安だ。新品の電池を入れて3日後にはLow Batteryのランプが点滅している。しかし、点滅していてもいまのところ動いている。
カタログスペックは30日なので、もうちょっと粘ってくれるのか?

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タッチアウト

学部時代のサークルの友人の結婚式があったため東京に来ています。
せっかく東京に来たのでこっちで鳥が見たいなあと思い、そういえば東京港野鳥公園にシベリアオオハシシギが来てたなあと調べてみるとまだいる。こりゃ行くしかないと思いながら北海道を発った。
無事友人の晴れ姿をお祝いし、次の日にまだいるかなあとドキドキしながら野鳥公園に行く。
野鳥情報板をみるとシベリアオオハシシギの場所に○印がない…
2日前すでに抜けてしまったそうです。残念。しょんぼりとセイタカシギとかソリハシシギを見て公園をあとにした。

いやー残念だなあ。今年はヒバリシギ、ジロネン、ヘラシギと順調にジギチを増やしているから、シベリアオオハシシギもうまく見られるんじゃないかと期待していたんだけどそうは問屋がおろさなかったか。

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ヘラシギ

先日撮ったヘラシギ

ネットで検索すれば一眼でとったきれいな写真がゴロゴロ出てくるが、自己満足で載せておく。すでにネタギレともいう。

デジスコとS3ISの両方で撮りました。

Hera2 Hera3 Hera4 Hera5 Hera6

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コサギ

いしかり調整池でヘラシギで興奮するさなかコサギを見た。

久しぶりだ。道内では初めて見る。

Kosagi  

そういえばこのページでコサギを見たと書いてあった

最近分布を広げているらしい。

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朝のいしかり調整池

朝早めに起きていしかり調整池に向かう。

Tounens

今日はトウネンがいっぱいだ。

他のシギがいないかスコープで探す。

結構近いからオジロトウネンが近くで見られるのではないかと思いながら一羽ずつ確認すると
Herashigi1 クチバシがヘラ状になったトウネンが・・・

上の写真にもよーくみるとこの個体が写っています。

水浴びをしているトウネンの左上にいるのがヘラシギです。

他にキリアイがいたけれど、そんなのはどうでもいいからとにかくなんとかヘラシギを撮ろうと四苦八苦した写真が上の二つの写真(下はトリミング済)。

写真を撮りつつじっくり観察していると、何かが飛び込み一斉に逃げて行った。

Haya 

犯人。

その後トウネンの群れはどこかへ行ってしまった。

その代りにどこからやってきたのかこの二羽があとからやってきた。
Ojiro オジロトウネン二羽。

前回と違い足の色がはっきりわかります。

シギは、トウネン、キリアイ、ヘラシギ、オジロトウネンの4種のみだったけれど、実に濃い鳥見だった。

ヘラシギは当然ライファーです。

平日の朝っぱらなので、他に鳥屋は全然おらず。ヘラシギ独り占めだった。
ハヤブサに飛ばされたけどまた戻ってくるかな?

そこそこ広いけど、周囲1.6kmと大した面積ではないから鳥屋にとっては絶好のシギチポイントだけど、同時にハヤブサなどの猛禽にとっても絶好の狩り場になってしまいそうだ。

また、ヘラシギとの出会いを願いつつ9時前には何食わぬ顔で研究室の自分の席に座った。

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絵のセンスがない

自分は絵とかデザインのセンスがない。
昔から美術とかは苦手だった。

絵なんて全く描けない。

しかし、最近はパワーポイントのオブジェクトを組み合わせてなんちゃってイラストを作る方法を会得して、それっぽいイラストをゼミや学会用に作って少しずつ種類を増やしている。
一回描けば別の発表とかにも流用できるし。

今回は学会用に二つのイラストを作成。

Kocyu_hamatobi    

 

 

 

甲虫とハマトビムシのつもり。

絵が苦手な人でもパワーポイントならこの程度の絵が描けるようになります。

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逆光のエゾライチョウ

Ezorai1 TOEFでエゾライチョウに遭遇。

久しぶりの出会い。今年は初。

撮影も初めてできた。

しかし、曇天の上木の上で逆光。

Ezorai2_2 露出補正してなんとかそれとわかる程度の写真が撮れた。

こういうのを見るとここは北海道なんだと改めて実感する。

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シマアジ

Shimaaji

昨日の日記であったいしかり調整池のシマアジらしきカモの証拠になるか怪しい証拠写真。

眉斑がシマアジチック。

翼を広げてくれれば、さらにはっきりするんだが、ずっとじっとしていた。

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いしかり調整池

いしかり調整池の水が抜けた。

Cyousui

アオサギがいっぱいいる。

そしてシギもいる。

Sigipara 

Sori_taka タカブとソリハシ

Hibari  

ヒバリはやはり小さくしか撮れない。

Taka_eri  

タカブとエリマキ

Akaeri_2  

アカエリ達

Ojiroto  

デジスコで画が悪いですが、オジロトウネンもいました。

ライファー

なんとか自力で発見。
その場にいた野鳥愛護会の人にも確認してもらいました。

 

ひどい写真なので載せませんが、シマアジらしきカモが5羽。
距離があって暗い場所にいた。

シギは全部で、
キアシシギ、ソリハシシギ、オグロシギ、タカブシギ、トウネン、オジロトウネン、エリマキシギ、アオアシシギ、イソシギ、コチドリ、アカエリヒレアシシギ、ヒバリシギ

を確認。

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