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2008年11月

ベイズ統計データ分析―R & WinBUGS

ベイズ統計データ分析―R & WinBUGS (統計ライブラリー) ベイズ統計データ分析―R & WinBUGS (統計ライブラリー)

著者:古谷 知之
販売元:朝倉書店
Amazon.co.jpで詳細を確認する

ぱっと見た感じだと、やはり数式が多くてよくわからなそうだけど、ベイズやるには数式からは逃げられないし、RとWinBUGSのコードも書いてあるし、日本語の本だし、これも近いうちに購入しなくてはいけないな。

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好評タヌキ動画

先日の暗視タヌキ動画は、結構好評なようで、@nifty動画共有においてスタッフおすすめに選出されたため、再生回数が今まで同サイトに上げたもののなかで一番多く、100回をこえた。

ちなみに今まで上げた動画はココにまとめられている

自分のオススメは暗視タヌキではなく、仔ダヌキです。

 

また、アメリカセンサーカメラについてはずいぶん長く扱ってエントリーも増えてきたので、「センサーカメラ」カテゴリーを新たに作ることにします。

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Wordの校閲機能

殿と論文原稿のやりとりをしていると、直したはずなのに向こうではなおってなかったり、その逆があったりと、なんかひっちゃかめっちゃかになる。
Wordの校閲機能を使ってやりとりするとどうやら修正が反映していない事態がよくおこるようだ。
どこを直されたかがよくわかっていい機能だが、赤くなって帰ってきた原稿をさらに直して青や紫で上書きすると、なんだか分からなくなってくるうえにデータも書き変えらていなくてさらに訳がわからなくなる。

自分のWordが2007で、向こうのWordがMac版であることがさらに事態を混迷化していることに拍車をかけている気もする。

とりあえずの対処法として、直したらすべて[ドキュメント内のすべての変更を反映]して、[最終版]にした方が無難なようだ。

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暗視動画~エゾタヌキ~

GAME SPY i40で撮ったタヌキの動画です。

夜間撮影モードは、5秒しか撮れないので、動画をつなげて35秒にしています。音はないです。

写真で撮っただけではわからないこすりつけ行動が見られたりして楽しいです。

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まんまる

センサーカメラの写真の撮ってだし。

後姿Manmaru2
丸いです。

Manmaru1 正面。
丸い体にちょこんと脚が生えているかんじ。

英語で哺乳類をmammal(まんまる)と言いますがまさに名が体をあらわしていますね。(嘘)

Manmaru3 横から。

Manmaru4 こちらは、赤外線カメラで撮影した写真。

Manmaru5 動画もありますが、それはまた次回。

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アメリカセンサーカメラ~評価レポート~

今までTOEFの教官にお借りしていたセンサーカメラを返却。

長い間借りていてただ突っ返すのも失礼なので、各機種の簡単な評価レポートを書いて提出することにした。

それを加筆訂正してアップしておく。

今回お借りしたのは、5機種
Moultrie社5.0 Outfitter CamBushnel社Trail Sentry 2.1MP(リンク先は新製品)、Leaf River社DC-2BUStealth Cam社I550Wildview社Xtrem2。そして番外として今回買ったMoultrie社のi40も書いておきます。

順位ごとに並べています。

続きを読む "アメリカセンサーカメラ~評価レポート~"

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Olympus BioScapes 2008

オリンパス主催の顕微鏡写真の写真展です。

美しい写真ばかりです。よくわからない撮り方で写真を撮っているものばかりですが、実体顕微鏡で撮った写真なんかも受賞している。

自分もうまく撮れば出品できるのだろうか?

もっとも、こんなレベルの写真を撮るにはそれなりの機材が必要なわけで、うちの研究室にはそんな機材はない・・・はず。
これに出したいがために機材をそろえるわけにもいかないので自分は、お手軽コリメート撮影で事足りているので他の人の作品を見て楽しむことにします。

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最近の高倍率コンデジ

キャノンのウェブサイトを見てみると、新しい高倍率デジカメが発売されるようです。

SX1 IS CCDからCMOSに変わり、動画はHDハイビジョンが撮れるようになるそうです。光学倍率で28mm~560mm。連写性能も上がり秒間4コマ。
なんか、自分の持っているNIKON D60よりも性能が高いんじゃないかと思ってしまう。

で、対するパナソニックのルミックスFZ8は、レンズが27~486mm相当だけど、画素を落として使う裏技的なモードで860mmくらいにすることもできると。
連写は、通常2.5コマ/秒だけど、モードを変えるともっと撮れると。
あとは、追尾AFがついたりと。
パット見の性能はFZ28の方が高そうだな。

もっともセンサーは、キャノンはCMOSセンサーということで、肝心の画質についてはキャノンの方が高い気がする・・・けどよくわからん。

あとは、FX28で宣伝されている暗部補正は、SX1 ISの仕様表にはしれっと書いてある。

ニコンでいうアクティブDレンジ、キャノンのオートライティングオプティマイザー、ソニーでいうDレンジオプティマイザーは、コンデジにも普通についてくる時代なんでしょう。

NIKON D60を購入して以降、ほとんどCANON S3 ISを使うことがなくなったが、あれはなかなかよかった。やはりあの小ささで高倍率で動画も撮れるのは大きい。

D90で動画が撮れるようになったからこれから一眼でも動画が撮れるのは当たり前になってくるのだろう。
それまでにD60で腕を磨くとします。

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GAME SPY i40

先日購入したアメリカセンサーカメラの試し撮り

Mdgc1 なんだこの画質は!!

今までのセンサーカメラの中で一番画質がいいぞ。

赤外線撮影が可能なため、ISO感度を上げる必要がないから画面がざらつかずに済んでいるのかな?これはいい。

撮影日時だけでなく、温度と月齢まで表示される。

Mdgc2 外に出てナイトショット。

照明があって明るいため、遠くまで見えるが照明がなくても十分使えそう。

当然動画も撮れる。

試し撮りしたのだが、多少画像が荒いものの十分識別できそう。

ただ、ひとつ問題があるのだが、ビデオの長さは、5秒、15秒、30秒と選べるのだが、カラーモードだと、30秒動画が撮れるけれど、ナイトビジョンモードだと、15秒や30秒に設定しても5秒しか動画が撮影されない。

個体差なのか仕様なのかはわからない。残念だ。

もしかしたらファームウェアを書き変えれば直るのかもしれない。
Moultrie社早く修正バージョンだしてくれないものか。

また、動画を撮ると動画の終わりに一枚スチルカメラも撮ります。動画には下の情報が写りこまないので、タイムスタンプがわりなのかも。

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Yuki 寒いです。

最高気温は0℃だったそうです。

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生物地球化学

安定同位体での食物網解析のお勉強。

生物地球化学 (地球化学講座 5)

著者:日本地球化学会
販売元:培風館
Amazon.co.jpで詳細を確認する

この本には、安定同位体を使った食物網解析の研究をしている南川先生が執筆しているので買おうと思ったが、ちょっと思いなおし図書館で借りた。ビンボ~なもので。

読んでから購入を検討しよう。

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アメリカセンサーカメラ到着

注文してから一週間でやってきた。

今回、購入したのは、

Sensorcam

Bushnel Trail Sentry 2.1MPとMoultrie Game Spy 4.0-Megapixel Digital Camera with IR Flash

Bushnelは100ドルと安く、液晶ディスプレイがないもののテストの結果かなり性能がよかった。
自分の中で一番評価の高かった5.0 Outfitter Camを作っているMoultrieが、200ドルで赤外線カメラ(night vision)を出していて、わりあい評価が高い(これもディスプレイがない)ので、予算との兼ね合いでこの二つを2台ずつ買うことにした。

Bushnelは100ドルで赤外線撮影ができるカメラを出しており、それも興味があったのだが、アメリカ海外には輸出できないようなので断念。

とりあえず、この赤外線カメラのテストを近々してみることにする。

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吉田旅館

さわやか自然百景と同じ放送日、たまたまテレビを見ていたら標津調査旅行に行った折にお世話になったよしだ旅館の女将さんがテレビに出ていた。

そういえば、ちょうどここに宿泊した際、テレビの撮影でタレントの内山信二と平野レミが来ているという話を聞いていた。この番組が見られるとは思っていなかった。ラッキーだ。

吉田旅館は、宿泊料も安いながら、朝夕においしいご飯をおなかいっぱい食べられる。温泉はないものの、歩いてすぐのところに温泉宿があり、そこで420円で日帰り入浴が可能。

標津に行った際にはまた泊まりたい宿です。

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さわやか自然百景 「秋 苫小牧の森」

自分の撮影協力をしたNHKのさわやか自然百景が放送された

あんな短期間であれだけよく撮影したものだと関心した。
そしてハイビジョンは綺麗だ。

残る再放送は、
11月19日(水) 11:05~11:49 総合(北海道、東北、関東、沖縄は別番組)
11月19日(水) 14:35~14:49 教育
11月22日(土) 5:00~5:15 教育
11月23日(日) 5:00~5:14 BS2

でやるそうです。

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アメリカセンサーカメラ購入

Cabela'sでアメリカセンサーカメラを購入したのだが、そろそろ届くようだ。

Ups

10日に注文したのだが、11月15日現在、千葉にある模様。

航空便にした甲斐があったな。送料160ドルかかったけど。(ちなみに船だと110ドル)

月曜日以降に届くだろう。

わくわく。

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スリガラス

メスフラスコ(2L)のふたが固着してしまった。

どんなに引っ張っても横に回してもびくともせず、困り果てたのでネットで調べるとやはり困っている人はいるようで。
http://questionbox.jp.msn.com/qa565741.html

これを参考にして、超音波洗浄機で洗うも効果がなく、熱膨張を利用した方法でも開かず困っていたところ、PDの方が助け舟をだしてくれ、ふたを前後左右に抉りながら上に引っ張るとふたがとれた。

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割っちゃった

今日も一日中化学分析。急ぎでやっていて、さらに三角フラスコが足りないので、使ったら洗って乾燥機で乾燥させて使っているが、洗っている最中に3つも割ってしまった。

昨日も今日も夜中までの作業。うーん。疲れているなあ。こりゃ新しいの買わなきゃだめだ。

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化学実験レクチャー動画

化学分析のために久しぶりにガラス器具類を触る。

メスフラスコやホールピペットなど、大学の実習で使ったか、下手したら高校の化学の実験以来かもしれない。

結構忘れていたこともあったので、ネットで調べながら器具の使い方を確認すると、動画をつかった器具の使い方のレクチャーのサイトとかあってわかりやすい。

まずは、京都大学の化学実験器具操作のレクチャービデオ集とか神戸学院大のヒダろ紙のおり方とか。神戸学院大の他のページが見れない。他の動画もあるのだろうか?

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幌内川源流部

幌内川の源流部へ行ってみた。

Horonai1

ここが川の始点。
ここをはじめとして様々な場所から水が湧き出し、冬でも凍らず一年中一定した流量を保っている。

TOEFを流れる幌内川と勇払川では、水道局が取水し近隣に飲み水を供給している。ここの水はきれいなので、水道水もおいしい。
そして、ペットボトルに詰められ「支笏の秘水」という商品名で売り出されている。

お得に買い置き『支笏の秘水』 2L×12本 送料無料セット
↑これです。

つまり、苫小牧近で暮らすとペットボトルで売られるようなミネラルウォーターを水道水として飲むことができて、取水場からもっとも近いTOEF庁舎は一番いい状態の水を飲んでいるということですな。カルキ臭くないから消毒の必要もほとんどないんでしょう。

幌内川源流部を少し下ると、TOEFを世界で有名な研究サイトになしえた研究である「川と森林のつながり」の研究をした跡地が見えてくる。
Horonai2

詳しくは、
Nakano & Murakami(2001)PNAS 96: 166-170.
とか

川と森の生態学―中野繁論文集 川と森の生態学―中野繁論文集

著者:中野 繁
販売元:北海道大学図書刊行会
Amazon.co.jpで詳細を確認する

を参照。

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獣害捜査3

先輩の実験プロットの動物調査の写真をまた回収した。

こんどは何が写っているかな。

Mdgc0005 前回、ネットの穴の前に仕掛けたセンサーカメラが捉えた映像。
タヌキだろうなあ。
さすがにくぐる瞬間を撮影することはできなかったが、この穴を使っている可能性はかなり高いと思う。
ちなみにここにしかけたカメラを回収しに行ったら、カメラが虚空を向いていて、カメラを固定したヒモがビリビリと破れていた。写真を見ると、目の前に動物か何かが写りこんで真白になっている写真のあと、何枚も虚空を撮影している写真が続いていた。タヌキかアライグマにいたずらされたのだろう。

Ten 別の写真には、テンが写りこんでいた。

シカとクマ以外は何でも入り込んでいるんだろうな。

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kitaca

JR北海道にもICカードが導入された。
まだ、改札を通る機能だけで電子マネーの機能はない。

自分は、北海道ではほとんど電車に乗らないのであんまり関係ないが、何気なくkitacaのウェブサイトを見たら、マスコットのモモンガにズキュンときてしまった。
SuicaのペンギンIcocaのカモノハシよりも断然カワイイ。Pasmoのロボットは出る幕ないですね。
しかも、kitacaにはブログパーツが用意されていたので数日前からうちのブログに貼ることにした。クリックするとカードから飛び出てきます。

Kitacaってそのうち首都圏でも使えるようになるのだろうか?そうなれば便利なんだけどな。

調べてみると、他にもまだまだ電車のICカードってあるみたいですね。
そして、マスコットは大体動物。
琴電のIruca(イルカ) これは、琴電に乗ったことがあるので知っていました。
西鉄のnimoca(フェレット) 今年の5月からだから、生態学会に行ったときはまだなかったな。
広島のバスと路面電車のPaspy(クマ) 今年の10月から。できたてほやほや。グラサンと取った時のギャップがかわいい。
JR九州のSugoca(カエル) 来年春からだそうです。
岡電のHareca(胴がついた太陽) これは、擬似生物ですね。なんか残念。
JR東海のTOICA(波?) ああ、非生物。JR各社が動物を採用する中、可愛さに訴えず硬派です。
伊予鉄道のICい~カード(目玉のついた電車) 擬似生物。体のついたミカンバージョンもあり。
せたまる(忍者?) 東京にこんな隠れたICカードがあったとは・・・。世田谷線は数年前に一度しか乗ったことないから知らなかった。

土佐電気鉄道も『ですか』というICカードを来年から導入するそうですが、まだウェブサイトには何も書かれてないですねえ。どんなマスコットキャラクターを出してくるのか楽しみです。

とまあ、基本的に自分にこれといった”鉄分”はないのですが、動物マスコットつきのICカードはこれを調べていたらちょっと集めてみたいなと思ってしまった。

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Rデータ自由自在

Rデータ自由自在 Rデータ自由自在

著者:P.スペクター
販売元:シュプリンガー・ジャパン
Amazon.co.jpで詳細を確認する

Rで解析するとき、データの型を合わせるのが結構大変。

最初から解析に使える形にもっていけるデータの入力をしていれば問題はないけれど、実際はそうではない。

エクセルではあんな簡単にできる折れ線グラフや棒グラフがRで描くには、結構面倒。
tapply()で平均値や信頼区間を求めてベクトル作って、arrows()でエラーバーを描いて・・・
棒グラフは、データフレームではなく行列で作らなきゃいけないけど、データフレームと行列ってなにが違うんだ?みたいな。

もうちょっと複雑な解析や作図するときは、reshape()を使って展開したりとか、merge()を使ってデータをくっつけるなんてこともする。

エクセルで便利なピボットテーブルと同じことをRでするためにaggregate()なんて関数もあった。

すべての関数を覚えているわけではないので、そのたびに『R-Tips』や『データ環境R』や『Rの基礎とプログラミング技法』なんかを調べながらやるわけだが、データハンドリングを専門に扱っている本があったらいいなあ。と思っていたところ、やはりみんな思うことは同じなようで、まさにそんな本が出版された。

本屋で立ち読みしたのだが、なかなか楽しそうな本です。
これは買おう。

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WRCの爪痕

先日、TOEFのすぐ近くの林道がWRCのコースになった。
そのコース跡がどうなっているか見に行ってみた。

Wrc1  直線道路は、タイヤ痕があるもののこれといって地面が削れているわけではない。

こういう直線ではWRカーは、100Km/hを優に超えるスピードで走ると思う。競技の日は、雨も降っていたし、結構削れているかと思ったけど、大したことないようだ。

Wrc2 カーブになると、轍ができている。

限界のスピードで入ってきてブレーキをかけ、土砂を巻き上げながらカーブしていったのだろうな。

Wrc3 ぬかるんでいる直線は、多少削れて水たまりができていた。

Wrc4

左カーブ。
結構削れているが、車で通っても、お腹をゴリゴリするわけでない。

とまあ、こんな感じで多少補修が必要な個所があるが、雨が降って路面状況が悪かったからもっとひどく林道が荒れているかと思ったらそうでもなかった。

TOEF林道内は大雨が降るだけで林道がかなり荒れるので、それと比べたらなんのそのか。

今回コースになったのは、国有林の樹木伐採用の大きな車が通れそうな道路なので、そういう車に地面が固められており、苫小牧の土壌にしては硬くて丈夫だったのかもしれない。

見た場所はほんの1キロ程度距離なので、他にもっとひどい場所があったのかもしれないが、自分が見た感じではそんな印象。

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獣害捜査2

先輩の調査プロットに入り込んだ輩の調査の続報。カメラを仕掛けた晩に早速写ってくれました。

Warmplot1 立派な体躯のアライグマ。雨よけビニールをガシガシと噛んでいる模様。

違う日には、
Warmplot2 タヌキも侵入。ビニールやベルトをガシガシ噛んだりしている写真を撮ることができた。

さて、犯人がわかったところで次は侵入経路だ。

Warmplot3 動物よけネットの周りを見ると、下の部分があいている箇所(写真中央)がいくつかあったので、その前にカメラを仕掛ける。

さらに、Warmplot4

プロットの中にこんな感じで樹洞があり、この周りにやたらと中型肉食動物の糞が落ちていた。そのため、同行したアライグマの研究をやっている人が、ここがネグラになっているのではないかと疑い、この木の周りにカメラ二つ、さらに糞のまわりにもうひとつのカメラを設置することにした。

結果が楽しみですね。

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Schoenerの類似度

Schoener(1970)のpercent overlapを求めるRプログラムを作ったので載せておく。めっちゃ簡単だけど。

#Schoener(1970) similarity index
schoener<- function(v1,v2){
  if (length(v1) != length(v2)) stop("different vector lengths")
  if (sum(v1) != 100) stop("summed vector(v1) is not equal 100")
  if (sum(v2) != 100) stop("summed vector(v2) is not equal 100")
  n1<- abs(v1-v2)/100
  n2<- sum(n1)
  return(1-n2/2)
}

元論文
Schoener, T. W. (1970). "Nonsynchronous Spatial Overlap of Lizards in Patchy Habitats." Ecology 51(3): 408-418.

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複数の説明変数を組み込んだ時の係数

複数の説明変数を組み込んだモデルだと、自分のデータを取った時の感触と全く予期しない係数が得られる場合がある。
先輩がこの前、この問題にぶちあたりいろいろ相談した。

5月27日の記事で使った例を見てみると。

まずは、numberに対する散布図を描いてみると、
Sanpuz

areaとfoodは正の効果がり、foxは負の効果があるように見える。

実際、これでモデルを作ると、

mod<- glm(number~area+food+fox,family=poisson)
summary(mod)

Call:
glm(formula = number ~ area + food + fox, family = poisson)

Deviance Residuals:
     Min        1Q    Median        3Q       Max 
-1.95257  -0.78108  -0.03689   0.65138   2.01692 

Coefficients:
             Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)   
(Intercept)  2.033526   0.182762  11.127   <2e-16 ***
area         0.056394   0.030366   1.857   0.0633 . 
food        -0.009294   0.021357  -0.435   0.6634   
fox         -0.035674   0.025068  -1.423   0.1547 

となり、foodが見た目とは裏腹に負の効果になっているように見える。
数学的なものはよくわからんが、より強い変数であるareaに喰われて、foodの係数が負になってしまうのだろう。

ちなみに交互作用も考慮して、モデル選択すると、

mod2<- glm(number~area*food*fox,family=poisson)
step(mod2)
Call:  glm(formula = number ~ area + food + area:food, family = poisson)

Coefficients:
(Intercept)         area         food    area:food 
   0.859480     0.035852     0.080408    -0.001642 

となり、交互作用項が選択され、areaとfoodが正になり、その交互作用項が負になる結果になった。

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羅臼~知床五湖

羅臼の方へお届けモノがあったので、標津から羅臼へ。
ついでに知床峠を通ってなかったので、知床峠をドライブ。

この日は、羅臼は天気が悪く、今にも雨が降りそうな天気だった。
知床峠の展望台はガスったうえに風が強くてとても寒かった。

せっかくここまで来たわけだし、ちょっと斜里側へ降りてみようと、さらに車を走らせる。
峠を降りきると、雲が全くない晴れ。そして、目に飛び込む「知床五湖 9km」の青看板。

せっかくここまで来たわけだし、ちょっとそっちも行ってみようととりあえず車を知床五湖方面へ走らせる。駐車場に到着すると、料金取られた。ちょっと見て帰るつもりだったのに・・・

せっかくここまで来て、お金も払ったので、ちょっと歩いてみようということになり、時間もあまりないので、ニ湖コースにするかと歩いた。

Dsc_0607s

Dsc_0613s 一湖に二湖。
写真を見てわかるように、山には雲が張り付いており、羅臼側が曇っていることがよくわかる。

途中で、エゾヤチネズミを発見。
Dsc_0618s あの枝さえなければ、めちゃくちゃカワイイ画になるんだが・・・
アングルを変えて撮影を試みるも、ブレブレ写真になったうえに逃げられてしまった。
フラッシュ焚いてしまえばよかったかな。

二湖分歩いてもなんか物足りないので、結局五湖すべて回ることに。

Dsc_0624s

天気もよく非常に綺麗な景色を楽しむことができた。

やはりここは、世界遺産だけあってネズミの数も豊富なのだろうか?上の写真の個体を含め、生きているネズミを二回、死んだネズミも一匹確認した。

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養老牛温泉

道東に来たからには、シマフクロウを見てみたいということで、養老牛温泉に行くことにした。

温泉で、シマフクロウが見られるのは、だいいちであるが、そこは混浴のため、女傭兵さんと一緒には行けない。そこで、藤やの方へ行ってみた。

日帰り入浴料金を払い、振り返るとそこには大きなテレビが置いてあり、宿の裏にある生け簀が映し出されていた。
よーく見ると、生け簀のはじっこに、二つの目を光らせ直立しているアイツを発見。
おーいるいる!!と心を躍らせそそくさと、浴場へ向かう。

久しぶりに余裕ないモードに陥り、周りが見えなくなってしまっていた。
鳥に対して余裕がなくなると、周りの視野が狭くなり、なんとか冷静に動こうと思いながらも、その鳥まで一直線に動いてしまう。自分の悪い癖。
なんとか冷静な素振りを見せながら、フロントから少し離れた浴場へ歩いていき、脱衣所についたら、一気に服を脱ぎ、すぐさま浴場へ。
体洗いもそこそこに露天風呂へ。

そして、フクロウとの対面・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

 

あれ?
浴場からフクロウ見えない・・・・

そっか、ここはそういう場所じゃないのね・・・
けれど、外を見ていればもしかしたらの出会いがあるかもしれないので、気持ちを落ち着かせて、外を見ながらゆっくり温泉につかることにする。

お湯はとても透明度が高くてきれい。
ゆったりじっくり温泉を楽しみました。

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ナラワラ、トドワラ

野付半島にあるナラワラとトドワラ

Dsc_0442s Dsc_0511s Dsc_0539s Dsc_0542s

こちらでは、まだサンゴソウが赤かった。

なんかこの荒涼とした感じがいいです。

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獣害捜査

先輩の調査プロットにアライグマか何かが侵入するらしく、実験装置が入った箱をあけっぱなしにしたり、コードを噛んだりしてしまうらしい。

今回、そいつがいったい何なのかを調べるため、アメリカセンサーカメラを設置して調べることに。

ちなみにここは、温暖化プロットといい、地表と樹木を電熱線であたため、樹木、昆虫群集、土壌微生物がどのような反応を示すかを調べているTOEFが力を入れている研究サイトの一つです。
詳しくは、温暖化プロットのサイトを参照。

Dsc_0714s Dsc_0716s Dsc_0721s

以上のようにいたずらされた箱が写りこむようにセンサーカメラを計3台設置。

一週間後くらいに一回回収してみるかな。

ちなみに
Dsc_0719s 形は崩れてしまっているが、中型肉食獣の糞がプロット内に落ちていた。

このプロット内はシカ対策のため、四方に網を張りめぐらし、大型動物の侵入は防いでいるのだが、中型には効果がなかったらしい。

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